Начнем с того, что лицензионное соглашение фактически можно рассматривать как лицензионный договор присоединения. Посему его нарушение и будет тем, что ляжет в основу искового заявления (или заявления о начале административного производства/уголовного дела) по факту неправомерного использования объекта авторского права. Чтобы раз за разом не повторять эту громоздкую конструкцию, я предпочитаю более лаконичную "нарушение авторских прав".

> А вот лицензионное соглашение может закону противоречить
Ближе к телу. В данном случае есть противоречие?
Автор не может запрещать цитирование, использование на похоронах и изготовление страховой копии. Заимствование фрагмента (а реверс -- это оно и есть, если вспомнить, что ПО у нас идет как литпроизведение) для создания производного произведения -- вполне себе регулируемая часть.

> Так вот реверс-инжиниринг мог нарушать лецензионное соглашение, если такой пункт в нём есть
Т.к. как правило лицензионное соглашение описывает передачу неисключительных прав, то правополучатель получает те и только те права, которые там перечислены. Отсутствие явного запрета на какое-либо действие не означает допустимость данного действия, и служит только целям дополнительного информирования правополучателя о наиболее распространенных возможных способах нарушения права использования данного объекта. И обычно запреты для пущей ясности прописаны в виде "включая, но не ограничиваясь".